《恶魔的谜语》故事舞台设定在一个名为“10年黑组”的全住宿制女子高中的班级，这个班级里的12名学生都是由暗杀者构成的，她们全都瞄准了她们的同学——一之濑晴的性命。即使她的性命被众多人觊觎，一之濑晴依然发誓一定要活着毕业。另一方面，同样也是准备夺取一之濑晴性命的暗杀者——转校生东兔角却在一次次接近对方时，渐渐地被晴所吸引。在同学们对晴展开攻击之时，兔角则以保护者的姿态与她们开始了战斗。